Трояны, заражая флэшку, часто прячут папки и файлы на ней.
Даже не очень продвинутые пользователи успешно лечат свои флэшки антивирусами, но потом часто недоумевают, куда всё подевалось, ведь столько на ней было...
Если файлы не удалены, а скрыты, то решение есть стандартное, уже в самой системе. Решение не очень элегантное, на любителя, но очень простое и всегда под рукой.
1) Пуск - Выполнить
2) Допустим, вашей флэшке присвоена буква F (если другая, то укажите в команде её).
Набираем команду:
attrib -h -s -r F:/* /s /d
3) Жмем ОК (или Enter).
Время работы команды зависит от количества файлов на флэшке.
Удачи!